乾隆年间，红花会崛起，企图推翻满清统治。红花会总舵主于万亭偷入禁宫，告以乾隆本乃汉人之身世，乾为安全计，杀于灭口。于之义子陈家洛乃乾胞弟，于死后接任为总舵主，继承反清复汉大业。陈得悉乾隆出游江南，乃与文泰来、骆冰、余鱼同等十四当家齐赴杭州，利用名妓玉如意之美色，引乾至六和塔，痛陈利害，逼乾与红花会合作，共谋反清。 另一方面，陈家洛在回疆认识霍青桐，二人暗生情愫。陈替乾取回身世证物之时，遇香香公主，两人一见钟情。家洛在青桐和香香公主之间感到困扰，而她们两人都对家洛一往情深。后因李沅芷女扮男装与桐态度亲密，陈误以为桐心有所属，遂倾向香香公主，并互订终生，令青桐黯然神伤。后得知香乃桐之妹，又得知误会了桐，困苦不已。但香香公主于乾隆攻打回疆时被俘，乾隆亦钟情于她，派张召重掳香入宫，逼为妃妾。家洛为使乾隆恢复汉人江山，忍痛割爱。时陈已取证物回，嘱乾遵守诺言。乾因受制于太后，复知香对陈痴心，乃背信弃盟，设宴雍和宫，欲将红花会一网打尽。

血滴子、傀儡人夜袭杭州红花会总舵，红花会四当家文泰来被擒、总舵被毁。学剑归来的陈家洛于杭州遭遇杀手设伏追杀，几番缠斗追逃后被百花阁歌姬玉如意所救。陈家洛得知自己被传言已成为红花会新任总舵主，掌握着前朝福王宝藏的秘密。陈家洛将计就计，利用宝藏秘闻拉拢善于易容的玉如意。他们从官府小吏钱经历那里打探出文泰来正被关押在杭州秘狱。秘狱之外，陈家洛、玉如意巧遇红花会赵半山、洛冰、李瀚文。五人协力搭救文泰来，却发现中了圈套——文泰来早已被换走，现在狱中的是朝廷高手“火手判官”张召重。五人各显神通，拼杀突围，前往李瀚文山庄躲避。洛冰等人怀疑玉如意是朝廷内奸，此刻，玉如意的真实身份即将浮出水面……

红花会总舵主于万亭夜闯禁宫，揭发乾隆为汉人后，由于环境迫害一病归天，遗位由陈世倌的第二个儿子陈家洛接任，陈家洛看到于万亭遗书后，遂知乾隆有可能…

乾隆年间，红花会崛起，企图推翻满清统治。红花会总舵主于万亭偷入禁宫，告以乾隆（任达华）本乃汉人之身世，乾为安全计，杀于灭口。于之义子陈家洛（彭…

乾隆年间，红花会崛起，企图推翻满清统治。红花会总舵主于万亭偷入禁宫，告以乾隆（郑少秋 饰）本乃汉人之身世，乾隆为安全计杀于灭口。于之义子陈家洛 …

江城林家曾蒙受云渺指点，习得医术，成为赫赫有名的神医世家，林太奶生前写下遗愿，乞求云渺有朝一日来到林家做客，无奈林家后人对云渺没有半点恭敬之心反而屡次刁难，礼数怠慢，甚至搬出了林家当代老爷子，江城第一神医出面压制云渺，殊不知林老爷子的医术，正是传自云渺。

二十年代，荣城首富陈家少奶奶王丽贞所倚赖的娘家突然垮台，为保住地位，必须生下男婴。贫穷善良的翠芝刚刚生下男婴，就被赌徒丈夫卖掉，背后买主正是王丽贞。翠芝拼死保护儿子，失败。为寻找儿子她因缘巧合来到陈家，却发现了一个刚刚出生就被抛弃的女婴——正是王丽贞生下的女儿。她救下了女婴。王丽贞偷梁换柱成功，陈家大小姐陈树琴却发现了一些蛛丝马迹，一直对丽贞心怀怨恨的树琴决意找出真相。

空空道人路经大荒山，惊见孤石凿刻前世今生：“无才补天，幻形入世，蒙茫茫大士，渺渺真人携入红尘，历尽离合悲欢炎凉世态的传奇”。据石偈坠落之乡，追述至姑苏城里乡宦甄士隐之身世，演义一生荣枯。更有甄士隐受神灵旨意，梦中和幻化巨石为玉的僧道相遇，验证天地之精华，投胎前生之真身，好不一般。

香港国际影视展太阳娱乐文化巡礼上，《书剑》导演张之亮透露本片改编自《书剑恩仇录》，编剧阮世生笑说要把压缩精华并加入许多打斗，工作量很大。