警方为了对付未确认生命体，开发了G3系统。这个G3系统是根据未确认生命体4号假面超人甲贺的力量而设计的。安装者是一名叫冰川真琴的警察。为人真诚，但有点粗鲁。警方的另一个部门在荒岛上发现了一个古代文明，并对其进行了解码。当未确认生命体再次出现，连G3都不是它的对手时，神秘的黄金假面骑士弥次陀出现了。这个假面骑士是由一个失忆的青年变身而来的，名叫津上翔一，他最初是因为无法控制G3而袭击的。
翔一暂时寄宿在三杉义彦家里，并结识了拥有超能力的和谷真琴。真琴甚至帮助翔一外出寻找失去的记忆，并结识了青原亮。凉在父亲的遗物中发现了一本笔记本，但没人知道上面提到的名字。在调查父亲的死因后，他发现他是另一个蒙面超人——五郎次。纪老师是一个不完整的亚基托，所以当凉变身为纪老师时，会有身后的证据。他曾经一度身陷险境，但幸运地被一个拥有超古代文明基因因子的年轻人所救。随后出现的不明生命体也被香逸、凉和程三人击败。
后来，凉误会女友被亚基托强奸了……
