本片讲述奸臣赫索王爷陷害忠良。十几年后，两位忠良之后相继长成，一是儿时由母亲山门托孤，出家北少林的智明；一是随叔叔法仁隐匿在南少林的司马燕。这天，赫索大寿，北少林武僧智明、南少林俗家弟子司马燕不约而同在赫索王爷寿诞之日前来行刺，一报父仇。不料被围，在同伴赵威的帮助下得以出逃。智明发现司马燕脚上有和自己一样的银镯子，始知她是自己的未婚妻，然因已皈佛门，未能相认。后司马燕为赫索所擒，智明、赵威在南北少林众高手的帮助下，终于杀死赫索，救出司马燕。智明把银镯交与赵威，独自离去……

满清入主中原后，有讳于汉族民众以武术造反，严禁民间习武。少林本也应列禁例之内，但有鉴于寺中弟子皆武艺高强，清廷于是命少林选派弟子，教授八旗官兵武艺。然而有一将军（王龙威饰）深觉少林终乃清廷心腹大患，又不满于其隐匿寺中武僧，仅指派俗家弟子前往授艺，终生挑拨南北少林两家，另双方自相残杀以剿少林之念。

广东人张三波（梁醒波）和外省人李四宝（刘恩甲）经营洋服店，同租一个公寓。两人抢生意，且因南北方人生活习惯不同，常有争执。梁醒波反对女儿丽珍（白露明）与外省人王文安（雷震）谈朋友，李四宝反对女儿翠华（丁皓）与广东人麦永辉（张清）交往。后来张三波，李四宝因资金问题使经营受挫，分别及时得到两个年轻人的帮助，张三波和李四宝放弃偏见，同意孩子的婚事。最后两家洋服店合并，一起发财。

父母离异，自小分离的王南月（柴格 饰）、谭北星(孟瑞 饰)兄弟两人在大学校园里重聚。两人阴差阳错地被安排住进同一间寝室，与同寝小有名气的漫画家万机（白希 饰）以及高富帅万人迷苏少臣（金俊秀 饰）共同组成了南北大学“四剑客”。后来与同班的刘璐玲、俞佳音以及张莉雅三位女生成为好朋友。来自五湖四海的七位年轻人，在大学校园中，因为怀抱着同样的梦想，一起努力奋斗，挥洒着青春热血。几对青年男女在长时间的相处中，产生了不一样的情感，王南月靠改变感化了女神刘璐玲，谭北星和张莉雅的感情也在慢慢升温，苏少臣依旧与篮球作伴，万机为了纪念这段热血岁月，开始在网上连载《南北兄弟》漫画，用画笔描绘着这段独一无二的青春。

明朝末年，两广总督王泮为推动民间传统活动，在肇庆举行“狮王争霸”大赛。消息传开后，南北各地的舞狮队云集肇庆。其中以肇庆柳氏武馆的柳小龙和周继志…

晚清，京城状师纪学礼头脑精密但为人刁钻，广东状师宋世杰口齿伶俐但素来爱财，二人均好探离奇案情，屡破奇案，名满天下，并称“南北大状”。他们在京城相遇，因皆心高气盛，加之文化相异，遂冲突不断，更闹出笑话。他们要在断案上一较高下，纪学礼见多识广，通过牛的鼻纹断了禁宫偷牛案，宋世杰心细如发，由猫眼形状变化破了画师遇害案，二人互相提醒，共破密室女尸案等多宗奇案。二人握手为友之际，风云又起，纪学礼多年追查的大冤案竟涉及宋世杰家人，二人红眼相争，却被真凶利用，施计暗害至一盲一哑。在亲人鼓励扶持下，二人重新振作，合作将真凶绳之以法，还公道于天下。经此曲折，二人看破名利，将“天下第一大状”牌匾一破为二，各取一半当柴烧。

以“反清复明”为口号的天地会被朝廷追捕，天地会恐被清廷一网打尽，遂将会员名册送往机密地点。天地会中人红娘子遇上刚直的捕快阿云，暗中利用他送出名册，期间遇上聪敏的阿寸，两人为生计不惜去踢馆，还参加舞狮比赛。及后红娘子被杀，阿云和阿寸从中觉醒，代红娘子执行任务，但两人却身负重伤，生命危在旦夕……

关德兴（董骠）年青时与李消云（邓碧云）相恋，但遭母亲反对，只好和周申玉（沉殿霞）结婚。关的儿子关仁坚（张学友）在电视台工作，认识了文文（张曼玉）和波波（何美婷）。申玉发现儿子追求的女友文文，竟是消云的女儿，令两个妈打情敌又一次碰头，再斗个你死我活。董骠、邓碧云和沉殿霞，旗鼓相当，组成喜剧铁三角，对白生鬼。

吕刚 (周润发) 近年冒起最快的杀手，他冷血无情，杀人不眨眼，名震大江南北。吕刚渡江南下，是奉贾大爷命去杀黑道中人孟老板，孟老板知道危险，於是…

小龙（释小龙 饰）被师父派下山寻找佛缘，第一次来到大城市的他，不幸与师兄失散。还好遇到了流浪儿肥虫（郝邵文 饰），才不至于挨饿受冻。肥虫见小龙武功高强，便决定追随他。随后二人又碰到了英雄救美的古董爱好者一山（元彪 饰），一山被小龙的执着精神打动，决定帮助他一起寻找佛缘。 原来一山的兄弟（徐锦江 饰）正是某个倒卖文物团伙的头目，而他们正在倒卖的，正是小龙师父的寺院丢失了的佛首，小龙三人得知后，便和被一山救下的少女小萱（徐若瑄 饰），一起踏上了寻回佛首之路……