皇城郊外，叶家明日女叶凌雪正在被东厂的人追杀，而他们的目标恰是叶家生生世世所守护的传国玉玺，可叶家满门忠烈早已经被她屠戮，只剩下一个叶凌雪，正在东厂督公计算举起剑解决她的时刻，锦衣卫管辖沈墨涌如今了叶凌雪面前，英招也并不把他放在眼里，只要拿到传国玉玺他就是下一个皇帝，两帮人立时厮杀起来，双拳难敌四手，就在沈墨要受到致命一击的时刻，叶凌雪毫不迟疑的上前盖住了，但最终两人照样都被英招屠戮了….

明朝末年，朝政黑暗，皇帝昏庸，阉党乱权。原本由皇帝直接控制的锦衣卫掌控大权逐渐旁落到当朝司礼太监贾精忠手中，贾精忠密谋造反，私通藩王，欲与…

明朝末年，皇帝朱常洛 （ 刘文治 饰）老来得子，是为皇三子朱由校 （ 文章 饰），此时锦衣卫校尉杨天石 （谭凯饰）接到线报：“刺客入宫”，迅即入宫侍卫，谁知潜入宫禁暗杀三皇子者竟是杨结拜兄弟之一萧云天，杨天石拼死护救，皇子生母仍被杀，萧亦自尽。现场线索发现，杀手竟为皇嫡子朱由检生母、当朝皇后所派。老皇帝悲恨之余，欲立朱由校为太子，遭首辅杨涟强烈反对，皇帝遂徙杨涟，并命杨天石鸩杀皇后，但杨天石却对皇长子朱由桤 （ 李强 饰）及锦衣卫指挥使钱仕达心生疑惑。宫禁失察，钱仕达及魏公公俱被责罚，为迷惑圣聪，魏及杨天石另一结拜兄弟钱宁，找来与被刺皇妃长像相似的京师第一美女客印月 （ 马伊琍 饰）为乳娘。客印月因被盗贼李进忠奸污失身并生下一子，俱为杨天石所救，二人生出刻骨铭心之爱，但客为救李进忠 （ 黄志忠 饰）之命，私自进宫为皇三子做乳娘，皇帝见之，龙颜大悦，封客印月为奉圣夫人并据为己有。客印月锁居宫中十六年，竟未能见情人杨天石一面，只有飞鸽传情。客印月与李之子也被天石养大，取名布衣，而李进忠亦自宫为太监，拜魏公公为义父，更名魏忠贤。忽辽东事变，后金入寇。朱由检代父出征，宁远一役，努尔哈赤被炸死，朱由检一战而胜，太子之位，非他莫属。而此时朱由校也被布衣从朱由桤派来的杀手刀下所救，二人遂结拜为兄弟。朱由校从小满怀仇恨，心灵扭曲，他利用杨天石及客印月一家三口之暧昧关系，杀死朱由桤及钱仕达，并弑君夺嫡，即位登基，是为天启皇帝。朱弑君之际，性情大乱，乱伦奸污客印月，并欲据为己有，客印月逃出宫禁，流亡江南，为天下狂禅、致仕后沦落江湖且为昆剧班主的李贽先生看重，以客印月为千古绝唱《牡丹亭》主演。杨天石苦寻至江南，与客印月终于复合，却再次陷入宫廷政变的血雨腥风之中。藩邸江南的朱由检秘密秣马厉兵，收服与朱由校有杀父之仇的锦衣卫钱宁为其所用。得知朱由校皇子即将诞生，即派先前诈死的萧云天前去行刺，胎儿母子俱死，萧亦死于魏忠贤及其东厂之手，天石及钱宁十分悲痛。朱由校得知皇兄朱由检阴谋，亲率锦衣卫大军讨伐江南，但心中念念不忘者，仍是淫念太深的对象客印月。朱由检遂利用客印月，引诱朱由校身陷信王府，以巨金购置的西洋火炮将王府炸成废墟。朱由校死后，朱由检即位，是为明朝最后一代皇帝崇祯。千钧一发之际，竟是终生唯利是图的钱宁救了杨天石和客印月一家人的命，这个生前的花花公子，临难之际，壮怀激烈。锦衣卫作为宫廷侍卫军，法外之法的刑讯机构，即在君主绝对专制的中国封建社会，亦属独一无二。本剧三位锦衣卫，萧天云惟命是从，钱宁唯利是从，杨天石惟情是从，纠缠着明末天下第一美女客印月的爱恨情仇，伴随着三代皇帝父子兄弟相残的血雨腥风，演出了一曲抗争政治黑暗、寻觅真情良知的旷世悲歌。

“锦衣卫”为明皇帝直接管辖之特务机关，负责巡察缉捕乱党。时英宗昏庸无能，大权落入宦官王振(刘永)之手，他操纵锦衣卫，利用它诛杀异己，残害忠良；然锦衣卫统领赵不凡(梁家仁)，却是一心保国卫民的忠臣，在连续几次暗杀行动中，义释忠良。在王振的威胁下，身为锦衣卫总管的赵父无奈被迫追杀亲儿子……