“阿尔塔纳”能量，是存在于每颗星球上的生命源泉，它创造出了名叫虚的魔人，而虚是个多年间历经数次生死轮回，不老不死的怪物。并在数次重生之中，诞生出一个叫吉田松阳的人格，这位松阳老师就是曾经开办松下村塾，在银时、高杉、桂三人幼时教导过他们的老师。 地球灭亡危机迫在眉睫，银时、高杉、桂，这三位昔日的伙伴再次集结，各怀使命，只是他们要对抗的，是自己的恩师，吉田松阳的另一个人格——虚。 为了支援银时等人，新八、神乐、真选组、整个歌舞伎町，甚至是曾经交战过的对手，大家纷纷加入了这场战斗，共同守护江户和地球。虚的力量不断恢复壮大，高杉拼上性命与之对抗。伤痕累累的银时最后看到的是怎样的光景，他究竟能否夺回自己曾失去的一切，最后的战斗即将开始。

曾经教导少年银时等人的师父吉田松阳，化作不同的人格，意图带着地球一起结束自己的生命。为了阻止他的野心，昔日盟友银时、高杉、桂决定带着心中的信念并肩作战。此外，万事屋的新八和神乐、新选组、歌舞伎町，甚至曾经的宿敌齐聚一堂，为银时等人应援，为保护自己该保护的东西而拼死一搏……